ハリウッドアニメーション史における偉大な時期において、アニメーション映画の制作者たちはアニメーションにのみ専念し、他分野へは進出しなかった。多くのアニメーション制作会社は、アニメーション映画と映画作品のためのタイトルアニメーションの制作に専念していた。限られた場合にのみ、アニメーションが映画産業の他の側面に使用されることがあった。1940年代の低予算連続ドラマ『スーパーマン』では、スーパーマンが空を飛ぶ場面と怪力を振るう場面で、実写場面中の特殊効果としてアニメーションが使用された。しかし、これは一般的な習慣ではなかった。
アニメーションの孤立は、映画における特殊効果に専ら使用された姉妹産業であるストップモーション・アニメーションの誕生に起因する。二者の類似性にも関わらず、ストップモーション・アニメと手描きのアニメーションという二つのジャンルはハリウッドの黄金時代を通じて、滅多にその最盛期を同時に迎えたことがなかった。ストップモーション・アニメーションの名は1933年のヒット映画『キング・コング』で一躍知られるようになった。この作品においてストップモーション・アニメーターのウィリス・オブライエンは、その後の50年間で使われるようになったストップモーションの技術を確立した。『キング・コング』の成功により多くの初期の特撮映画が制作され、その内の一作でオブライエンがアニメーションを手掛けた『猿人ジョー・ヤング』は、レイ・ハリーハウゼンを含めた多くのストップモーション・アニメーターの出発点となった。1950年代にハリーハウゼンは彼自身の作品を制作した。
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ジョージ・パルはパラマウント映画用に制作したパペトゥーンシリーズなどの、劇場用ストップモーション・アニメ映画を制作していたストップモーション専門のアニメーターであり、その作品のいくつかはレイ・ハリーハウゼンによりアニメートされている。